Eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ, katıldığı bir televizyon programında FETÖ’nün siyasi ayağına ilişkin bir soru üzerine, askerlerin sivil mahkemelerde yargılanmasının önünü açan düzenleme için, “26 Haziran 2009'da bu iki konuyu içeren kanun teklifini kim hazırladı? Ben bilmiyorum. ‘Araştırsınlar’ diyorum. Ben bir ipucu veriyorum. Bu kanun teklifinin FETÖ'nün emriyle, direktifiyle hazırlandığını düşünüyorum. Çünkü ikisinde de FETÖ komplolarıyla bağlantılı bir olayla karşı karşıyayız” dedi. Başbuğ’a yanıt veren Cumhurbaşkanı Erdoğan ise, “Bu boru göstermeye benzemez, parlamentonun hukuku boru ile sindirilemez” dedi ve AKP’lileri suç duyurusunda bulunmaya davet etti.
Erdoğan’ın talimatı üzerine 2009’daki yasa teklifinin altında imzası bulunan AKP milletvekilleri Bekir Bozdağ, Ahmet Aydın, Mustafa Elitaş, Mehmet Ceylan, Ahmet Müfit Doğan ve Yahya Doğan, 7 Şubat tarihinde avukatları aracılığıyla savcılığa suç duyurusunda bulundu. Dilekçede, Başbuğ hakkında “kamu görevlisine görevinden dolayı hakaret” suçundan soruşturma yapılarak dava açılması istenmişti. Askerlerin sivil mahkemede yargılanmasının önünü açan yasanın FETÖ direktifiyle hazırlanmadığı kaydedilen dilekçede, “Değişiklik önergelerinin ne teklif aşamasında ne de yasalaşması sürecinde herhangi bir örgütün etkisi söz konusu olmamıştır” ifadeleri kullanılmıştı.
Alican Uludağ'ın haberine göre, Başbuğ’un katıldığı yayının görüntülerini RTÜK’ten temin eden ve bilirkişi aracılığıyla yazıya döktüren Ankara Başsavcılığı, ikinci hamle olarak Başbuğ’un ifadesinin alınmasına karar verdi. Başsavcılık, bunun için İstanbul Anadolu Başsavcılığına bir talimat yazısı gönderdi. Başbuğ, savcılığın talimatı kapsamında İstanbul’da ifade verecek.