Kod adı "Bayrak Harekatı" olarak belirlenen darbe planının uygulanması için ordu komutanlarına 11 Temmuz 1980 günü saat 04.00'te harekete geçilmesi emri verildi. Ancak Süleyman Demirel'in başbakanlığındaki hükümetin 2 Temmuz'da güvenoyu almasıyla darbeciler bu planı erteledi. Tarihler 12 Eylül'ü gösterdiğinde, darbe gerçekleşti.
Darbe sonrası resmi rakamlara göre 650 bin kişi gözaltına alındı, 230 bin kişi askeri mahkemelerce yargılandı, 171'i cezaevlerindeki işkencelerde olmak üzere yaklaşık 300 kişi öldürüldü, 48 kişi idam edildi. Sendikalar, dernekler ve siyasi partiler kapatıldı.
Darbenin ardından siyasi partiler kapatıldı, TBMM lağvedildi, Anayasa askıya alındı ve Türkiye tamamen askeri bir yönetim altına girdi. Kenan Evren başkanlığındaki Milli Güvenlik Konseyi, ülkedeki tüm siyasi faaliyeti durdurdu ve temel hak ve özgürlükleri askıya aldı. Toplumun muhalif kesimlerine, özellikle sol görüşlü kişilere ve örgütlere yönelik kapsamlı bir baskı süreci başlatıldı. Bu süreçte, sol görüşlü sendikacılar, gazeteciler, öğrenciler ve işçiler başta olmak üzere muhalifler gözaltına alındı, tutuklandı ve ağır cezalara çarptırıldı.
Darbe yönetimi, 12 Eylül sonrasında sıkıyönetim mahkemeleri kurarak, tutuklular üzerinde ağır cezalar uyguladı. Bu mahkemelerde özellikle solcu gruplara karşı sert tutum alındı. Ancak sağcı örgütler de baskılardan nasibini aldı. Toplamda 650 bin kişi gözaltına alındı ve yaklaşık 1 milyon 683 bin kişi fişlendi. Bu süreçte 210 bin dava açıldı, çoğu ideolojik temelli bu davalarda yaklaşık 98 bin kişi “örgüt üyeliği” ve benzeri suçlardan yargılandı.
Ülke genelinde sıkıyönetim ilan edildikten sonra sivil toplum kuruluşlarını hedef alan darbeciler, Türk Hava Kurumu, Çocuk Esirgeme Kurumu ve Kızılay dışındaki derneklerin faaliyetlerini durdurdu. Siyasi partilerin kapısına kilit vuran darbeciler, Süleyman Demirel ile Bülent Ecevit’i Hamzakoy’a, Necmettin Erbakan ile Alparslan Türkeş’i ise Uzunada’ya sürgüne göndererek, siyasi yasaklar getirdi.
Ülkeye karanlık günler yaşatan darbeciler, acısı yıllarca hafızalardan silinmeyecek idam kararlarının da mimarı oldu. Darbeden sonra ilk idamlar, 9 Ekim 1980 tarihinde yapıldı. Önce sol görüşlü Necdet Adalı, ardından ülkücü Mustafa Pehlivanoğlu idam edildi. Darbe öncesinde bir askeri inzibat erini öldürdüğü gerekçesiyle hüküm giyen 17 yaşındaki Erdal Eren, 19 Mart 1980’de idama mahkum edildi. Darbeci Kenan Evren’in 17 yaşında astırdığı Erdal Eren için söylediği, “Asmayalım da besleyelim mi?” sözü ise hafızalardaki yerini koruyor. Eren’in idam kararı, Yargıtay tarafından iki kez iptal edilmesine rağmen, Milli Güvenlik Konseyi tarafından onaylanan kararla ve yaşı büyütülerek 13 Aralık 1980’de Ankara Ulucanlar Cezaevi’nde infaz edildi.
12 Eylül darbesi, sadece siyasi değil, ekonomik bir dönüşümü de beraberinde getirdi. 24 Ocak 1980 kararları ile başlayan neoliberal politikalar, darbeyle birlikte hız kazandı. Darbe yönetimi, uluslararası sermaye çevrelerinin taleplerine uygun olarak Türkiye’de serbest piyasa ekonomisine geçişin önünü açtı. Kamu sektörünün zayıflatılması, özelleştirme hamleleri ve işçi haklarının kısıtlanması, darbe sonrası yeni düzenin temel taşlarını oluşturdu. Bu süreç, Türkiye’de sosyal devlet anlayışının yerini piyasa odaklı bir ekonomik düzene bıraktığı bir döneme işaret eder.
Darbe sonrası kurulan askeri yönetim, Anayasa’yı yeniden yazdı ve yürürlüğe koydu. Anayasa ile birlikte sendikalar, siyasi partiler ve sivil toplum kuruluşları üzerindeki baskılar katlanarak arttı. Kenan Evren’in liderliğindeki askeri yönetim, Türk toplumunu “apolitik” bir nesle dönüştürme gayretindeydi. Bu çerçevede, politik bilinçlenmenin ve sol fikirlerin toplumsal yaşamda yayılmasının önüne geçildi.