Etlik Şehir Hastanesi'nin açılışla birlikte Sami Ulus Hastanesi, Onkoloji Hastanesi, Etlik Zübeyde Hanım Hastanesi ve Dışkapı Yıldırım Beyazıt Hastanesi'nin kapatılması planlandı.
Cumhuriyet'ten Sarp Sağkal'ın haberine göre, Etlik’in Çevresel ve Sosyal Etki Değerlendirme Raporu’yla da bu durum resmi belgelere geçti. Bunun üzerine pek çok hastaneden tıbbi malzeme ve eşya taşıma işlemine başlandı. Bu sırada sağlık çalışanlarına da görevlerine Etlik’te devam edeceği söylendi. Hastane açılmadan bir hafta önceye kadar da onkoloji servisinden ekim ayı için kemoterapi randevusu almak isteyen hastalara, “hastane kapatılacağı için randevu verilmediği” bilgisi aktarıldı. Tepkiler üzerine iktidar geri adım attı. Sağlık Bakanı Fahrettin Koca, Etlik nedeniyle hiçbir hastanenin kapatılmayacağını açıkladı.
Sağlık Bakanlığı’ndan başhekimliklere, “Şehir Hastanesi’nin açılış sürecinde sağlık tesisi rollerinin yeniden belirlenmesi” başlığıyla gönderilen yazıda Sami Ulus Hastanesi, Onkoloji Hastanesi, Etlik Zübeyde Hanım Hastanesi ve Dışkapı Yıldırım Beyazıt Hastanesi’nin “Etlik’e kısmen taşınacağı ancak hizmete devam edeceği” belirtildi. Bunun üzerine tıbbi malzemeler tekrar taşındıkları hastanelere geri getirilmeye başlandı. Onkolojideki malzemelerin de "bir gecede geri getirildiği” öğrenildi.