Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından hazırlanan iddianamedeki 19 sanık hakkında açılan davanın ilk duruşması, 16 Nisan 2014'te görüldü. 13 Aralık 2019'da verilen kararda, yargılama sırasında ölen sanık Ahmet Demirel ve Ziya Bandırmalıoğlu hakkındaki dava düşürüldü. Kendisine ulaşılamayan sanık 'Yeşil' kod adlı Mahmut Yıldırım'ın dosyası ise ayrıldı. Yargılama sonucunda, eski İçişleri Bakanı Mehmet Kemal Ağar'ın da aralarında bulunduğu 16 sanığın beraatına karar verildi. Dosya daha sonra kanun yolu incelemesi için Ankara Bölge Adliye Mahkemesi'ne (BAM) gönderildi. İncelemeyi tamamlayan BAM, 5 Nisan 2021'de beraat kararlarını bozarak, yeniden yargılamanın yapılması için dosyayı Ankara 1'inci Ağır Ceza Mahkemesine gönderdi. Ankara 1'inci Ağır Ceza Mahkemesi de sanıklar Mehmet Kemal Ağar, İbrahim Şahin, Mehmet Korkut Eken, Ayhan Çarkın, Ayhan Akça, Ercan Ersoy, Seyfettin Lap, Ayhan Özkan, Uğur Şahin, Alper Tekdemir, Enver Ulu, Yusuf Yüksel, Lokman Külünk, Abbas Semih Sueri, Nurettin Güven ve Muhsin Korman'ın beraatine karar verdi.
Yargıtay 1'inci Ceza Dairesi, oy birliğiyle aldığı kararda, yargılama sürecinin usul ve yasaya uygun yürütüldüğünü beyan etti. Sanıklar aleyhine ileri sürülen iddiaların delillerle desteklenemediği, dosyada bulunan belgelerin ise yeterli ve kesin delil niteliği taşımadığı belirtildi. Mahkemenin yargılama sürecinde sunduğu raporların yeterli olduğu ve sanıkların suçları işlediklerine dair her türlü şüpheden uzak, kesin ve inandırıcı bir delil bulunmadığı gerekçesiyle beraat kararlarının yerinde olduğu sonucuna varıldığı aktarıldı.
Onama kararında, soruşturma ve kovuşturma aşamalarında toplanan delillerin yeterli olduğu, ancak duyuma dayalı, soyut ve çelişkili beyanların delil olarak kabul edilemeyeceği ifade edildi. Yargıtay, sanıkların üzerine atılı suçlar için beraat kararlarının hukuka uygun olduğu kanaatine vararak, temyiz başvurularını reddetti ve beraat kararlarını onadı.