2018 – 2022 dönemi Yönetim Kurulu Başkanı Prof. Dr. Pınar Saip, Genel Sekreter Prof. Dr. Osman Küçükosmanoğlu ve Yönetim Kurulu üyeleri Prof. Dr. Rukiye Eker Ömeroğlu, Dr. Güray Kılıç, Dr. Osman Öztürk, Dr. Murat Ekmez, Dr. Recep Koç, Kocaeli Rektörü Prof. Dr. Saadettin Hülagü tarafından "görevi kötüye kullanma" suçlamasıyla savcılığa şikayet edilmiş ve haklarında dava açılmıştı.
Bir dönem Cumhurbaşkanı ve AK Parti Genel Başkanı Recep Tayyip Erdoğan’ın da doktoru olan ve Erdoğan tarafından Kocaeli Üniversitesi’ne rektör olarak atanan Prof. Dr. Sadettin Hülagü hakkında, Barış Akademisyenleri bildirisine imza atan bazı akademisyenleri ihraç ettiği için disiplin soruşturmasına izin verdikleri gerekçesiyle İstanbul 27. Asliye Ceza Mahkemesi'nde yargılanan İTO yöneticileri karar duruşmasında hakim karşısına çıktı.
Taraf avukatları ve sanıkların katıldığı duruşmada kararını açıklayan mahkeme, İstanbul Tabip Odası yöneticileri hakkında "görevi kötüye kullanmak" suçundan 5 ay hapis ve hükmün açıklanmasının geri bırakılmasına karar verdi.
Davanın açıldığı günlerde İstanbul Tabip Odası tarafından yapılan açıklamada, şu bilgilere ver verilmişti:
"6023 sayılı Türk Tabipleri Birliği Kanunu Tabip odalarına meslek mensupları hakkında disiplin incelemesi başlatmak ve deontoloji kuralları ile meslek etiğine aykırı davranışların tespiti halinde soruşturma açmak yetki ve görevi vermektedir. Disiplin soruşturmaları, ilgili mevzuat gereği, kimi zaman şikâyet üzerine, kimi zaman resen, kimi zaman da bu soruşturmada olduğu gibi Türk Tabipleri Birliği (TTB) Merkez Konseyi’nin istemi üzerine açılmaktadır.
Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde görevli beş hekim öğretim üyesi, haksız bir suçlama ile kamu görevinden ihraçlarına neden olduğu gerekçesiyle, Kocaeli Üniversitesi Rektörü Dr. Sadettin Hülagü hakkında Kocaeli Tabip Odası’na şikâyette bulunmuştur. Yönetim Kurulu’nun dört üyesi tarafsızlıklarını koruyamayacakları endişesiyle inceleme görevinden çekilmiş, bu nedenle TTB Merkez Konseyi disiplin işlemlerini yürütme görevini İstanbul Tabip Odası’na vermiştir.
TTB Merkez Konseyi tarafından gönderilen şikayete ilişkin bilgi ve belgeler ile Dr. Sadettin Hülagü tarafından sunulan bilgi ve belgeler, İstanbul Tabip Odası Yönetim Kurulu’nun 12.11.2019 tarihli toplantısında değerlendirilmiş ve şikâyet edilen Dr. Sadettin Hülagü hakkında; deontolojiye aykırı davranmak, meslektaşları küçük düşürücü fiil içinde olmak, etik ihlal yapmak iddialarıyla, TTB Disiplin Yönetmeliği’nin 3/c ve 7. Maddeleri gereğince soruşturma açılmasına karar verilmiş, şikâyete konu olan eylemin, TTB disiplin yönetmeliğine göre suç teşkil edip etmediği hususunun karara bağlanması için dosya İstanbul Tabip Odası Onur kuruluna sevk edilmiştir.
Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde görevliyken ihraç edilen beş hekim öğretim üyesi 'Bu suça ortak olmayacağız' başlıklı bildiriyi imzaladıkları nedeniyle suçlu ilan edilen, kamuoyunda 'barış akademisyenleri' olarak bilinen akademisyenlerdendir. Anayasa Mahkemesi, Barış Bildirisi’nin ifade özgürlüğünün koruması altında olduğuna ve akademik özgürlük çerçevesinde bir metin olduğuna karar vermiştir. Bu karar sonucunda hukuki olarak bir sonuç elde edilmiş olsa da KHK’lara dayanarak uygulanan idari yaptırımların çoğu halen yürürlüktedir."